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Alchemy Web: uma proposta de interface gráfica para o Sistema Alchemy. Infoteca-e
NARCISO, M. G.; VALDISSER, P. A. M. R.; BENÍCIO, C. G.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
A Embrapa Arroz e Feijão utiliza a plataforma de genotipagem BeadXpress Reader (Illumina), que utiliza a fluorescência como método de detecção. A interface gráfica foi construída utilizando-se a linguagem JavaScript. Para exemplificar o acesso e o uso do Alchemy Web, foram utilizados dados obtidos em feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.), no Laboratório de Biotecnologia da Embrapa Arroz e Feijão, através da plataforma BeadXpress (Illumina).
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software; Interface gráfica; Marcador molecular.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/984524
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Análise de pureza genética de sementes de feijoeiro comum utilizando marcadores microssatélites em sistema de genotipagem multiplex. Infoteca-e
CHEDIAK, G. L. de C.; BRONDANI, R. P. V.; DEL PELOSO, M. J.; MELO, L. C.; BRONDANI, C..
Esse estudo teve como objetivo avaliar quanto a pureza genética um conjunto de sementes de feijão comum resultantes do processo de multiplicação da cultivar BRS Campeiro, incluindo as sementes genéticas, sementes básicas e sementes com tipo diferenciado de grãos, quando comparados com a cultivar padrão, utilizando um sistema de genotipagem semiautomatizado baseado em marcadores microssatélites.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pureza varietal.; Feijão; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Phaseolus Vulgaris; Qualidade; Semente..
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/202837
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Aplicação de tecnologias genômicas baseadas em marcadores microssatélites para discriminação de cultivares e análise de pureza genética em feijoeiro comum. Infoteca-e
BRONDANI, R. P. V.; BRONDANI, C..
A Embrapa Arroz e Feijão está atuando na condução de ações de pesquisa voltadas para o desenvolvimento e implementação de práticas de genotipagem molecular que possibilitem consolidar estratégias mais eficientes de proteção de cultivares e seus derivados. Novos sistemas de genotipagem utilizando análise multiplex e detecção semi-automatizada encontram-se em fase avançada de desenvolvimento, integrando locos microssatélites com elevado conteúdo informativo e poder de discriminação.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Feijão; Marcador Genético; Melhoramento Genético Vegetal; Phaseolus Vulgaris..
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/215773
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Catálogo descritivo dos acessos da Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa - CNAE versão 1.0. Infoteca-e
BRONDANI, C.; MENDONÇA, J. A.; BORBA, T. C. de O.; RANGEL, P. H. N.; CORDEIRO, A. C. C.; MOURA NETO, F. P.; UTUMI, M. M.; PEREIRA, J. A.; CRUZEIRO, G. V.; LOPES JUNIOR, S.; BASSINELLO, P. Z.; LIMA, G. P.; SILVEIRA, R. D. da; NOGUEIRA, K. F. D'E.; MARTIN-DIDONET, C.; BRONDANI, R. P. V..
Esta Série Documentos apresenta os resultados do desempenho agronômico de cada um dos 550 acessos da CNAE em 11 experimentos de campo, conduzidos no delineamento de Blocos Aumentados de Federer. Os locais onde os experimentos foram conduzidos no sistema de cultivo de sequeiro estão indicados nas fichas dos acessos. Nos demais locais, os ensaios foram conduzidos sob sistema irrigado. As escalas adotadas para as avaliações de algumas características estão descritas no Anexo I. Em Formoso do Araguaia foram conduzidos dois experimentos - com e sem aplicação de fungicida. Os acessos descritos nesta Série Documentos fazem parte da CNAE versão 1.0.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Arroz; Banco de Germoplasma; Oryza Sativa; Recurso Genético.; Rice..
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/211518
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Coleção nuclear de arroz da Embrapa: caracterização agronômica. Infoteca-e
BRONDANI, C.; RANGEL, P. H. N.; BRONDANI, R. P. V.; BORBA, T. C. de O.; MENDONÇA, J. A.; MOURA NETO, F. P. de; FRANCO, D. F.; UTUMI, M. M.; PEREIRA, J. A.; CORDEIRO, A. C. C.; FONSECA, J. R..
Introdução; Coleções Nucleares; Coleção Nuclear Brasileira do Arroz - CNAE; Experimentos Multi-Locais da CNAE; Experimento de Goianira (GO); Experimento de Boa Vista (RR); Experimento de Uruguaiana (RS); Qualidade de grão dos acessos da CNAE; Considerações Finais.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Característica agronômica; Coleção nuclear; Melhoramento genético; Variabilidade genética.; Arroz; Banco de Germoplasma; Recurso Genético..
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/209633
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Controle genético da reação do feijoeiro comum ao vírus do mosaico dourado. Infoteca-e
MELO, L. C.; DEL PELOSO, M. J.; FARIA, J. C. de; YOKOYAMA, M.; ROSARIA, L.; BRONDANI, R. P. V.; BRONDANI, C.; FARIA, L. C. de.
O objetivo deste trabalho foi obter informações básicas sobre o controle genético da reação do feijoeiro comum ao VMDF que ocorre no Brasil. Foram realizados cinco cruzamentos entre linhagens/cultivares de feijoeiro comum envolvendo sempre um genitor como fonte de tolerância ao VMDF, previamente identificada, e outro, suscetível, como fonte de adaptação, e com características comerciais desejáveis.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Melhoramento genético vegetal; Mosaico dourado.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/193091
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Estrutura genética de populações silvestres de Oryza glumaepatula em três biomas brasileiros utilizando marcadores microssatélites. Infoteca-e
BRONDANI, R. P. V.; RANGEL, P. H. N.; ZUCCHI, M. I.; MAGALHÃES, M. R.; BORBA, T. C. O.; VENCOVSKY, R.; BRONDANI, C..
Oryza glumaepatula, uma das 21 espécies silvestres do gênero Oryza, no qual está incluído o arroz cultivado (O. sativa), constitui uma valiosa fonte doadora de alelos favoráveis para características de interesse agronômico desta espécie. Diversas áreas de ocorrência natural de O. glumaepatula estão sob ameaça de devastação e, desta forma, a implementação de estratégias de conservação destes recursos genéticos a partir de estudos de genética de populações é de extrema relevância. Marcadores moleculares microssatélites, ou SSR, são uma ferramenta útil para investigar questões relacionadas ao sistema de cruzamento, fluxo gênico e estrutura genética das populações naturais de O. glumaepatula. Este trabalho objetivou caracterizar a variabilidade genética e...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Oryza glumaepatula; Silvestre; SSR; Variabilidade genética.; Arroz; Conservação; Marcador Molecular..
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/212641
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Identificação, coleta, mapeamento e conservação de variedades tradicionais e espécies silvestres de arroz no Brasil. Infoteca-e
RANGEL, P. H. N.; SANTIAGO, C. M.; BRONDANI, C.; FONSECA, J. R.; PEREIRA, J. A.; KAMINSKI, P. E.; RABELO, R. R.; BRONDANI, R. P. V.; SILVA, S. C. da; COSTA, W. M.; PARRIÃO, W. G..
Implementação de projeto que permitiu a identificação da ocorrência e coleta de acessos de variedades tradicionais e espécies silvestres de arroz em locais ainda não amostrados, complementando as coletas de germoplasma iniciadas há 26 anos no Brasil. Estes acessos foram localizados precisamente com aparelho GPS e estas informações (juntamente com as dos acessos já amostrados nos últimos 26 anos) foram utilizadas para posicioná-los no mapa do Brasil através do software Spring 3.5. Foram obtidos cinco mapas individuais (um para as variedades tradicionais e um para cada uma das espécies silvestres de Oryza), além de um mapa consenso reunindo todos estes mapas. Juntamente com os mapas, foi elaborado um banco de dados contendo as informações obtidas na coleta...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Oyrza sativas.; Arroz; Arroz Silvestre; Banco de Germoplasma; Biodiversidade; Melhoramento Genético Vegetal..
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/695298
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Identificação, coleta, mapeamento e conservação de variedades tradicionais e espécies silvestres de arroz no Brasil. Infoteca-e
RANGEL, P. H. N.; SANTIAGO, C. M.; BRONDANI, C.; FONSECA, J. R.; PEREIRA, J. A.; KAMINSKI, P. E.; RABELO, R. R.; BRONDANI, R. P. V.; SILVA, S. C. da; COSTA, W. M.; PARRIÃO, W. G..
Implementação de projeto que permitiu a identificação da ocorrência e coleta de acessos de variedades tradicionais e espécies silvestres de arroz em locais ainda não amostrados, complementando as coletas de germoplasma iniciadas há 26 anos no Brasil. Estes acessos foram localizados precisamente com aparelho GPS e estas informações (juntamente com as dos acessos já amostrados nos últimos 26 anos) foram utilizadas para posicioná-los no mapa do Brasil através do software Spring 3.5. Foram obtidos cinco mapas individuais (um para as variedades tradicionais e um para cada uma das espécies silvestres de Oryza), além de um mapa consenso reunindo todos estes mapas. Juntamente com os mapas, foi elaborado um banco de dados contendo as informações obtidas na coleta...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Arroz; Biodiversidade; Arroz Silvestre; Banco de Germoplasma; Melhoramento Genético Vegetal; Oryza Sativa..
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/216255
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Monitoramento de retrocruzamentos para tolerância ao vírus do mosaico dourado do feijoeiro comum, via marcadores microssatélites. Infoteca-e
OLIVEIRA, L. K. de; BRONDANI, R. P. V.; MELO, L. C.; BRONDANI, C.; FARIA, J. C. de; DEL PELOSO, M. J..
Este trabalho objetivou auxiliar o desenvolvimento de genótipos de feijoeiro com tolerância ao VMDF, obtidos por retrocruzamento, através da seleção assistida por marcadores microssatélites dos fragmentos de DNA dos genitores recorrentes, com a finalidade de diminuir os fragmentos de DNA indesejáveis, reduzindo com isto o número de retrocruzamentos a serem realizados.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Melhoramento Genético; Seleção assistida; VMDF.; Feijão; Marcador Molecular; Mosaico Dourado; Phaseolus Vulgaris..
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/206696
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Protocolo de deficiência hídrica em arroz de terras altas para análise de transcriptoma. Infoteca-e
LANNA, A. C.; CARVALHO, M. A. de F.; SILVEIRA, R. D. D.; HEINEMANN, A. B.; BRONDANI, C..
Esse documento objetiva estabelecer um protocolo de deficiência hídrica aliado à obtenção de material vegetal para estudos de transcriptoma em plantas de arroz de terras altas. Esse protocolo abrange: (a) a observação da fase fenológica dos genótipos de arroz de terras altas selecionados para o referido estudo para imposição do estresse hídrico (restrição de água); (b) o monitoramento da deficiência hídrica pelo controle da quantidade de água contida no vaso em períodos pré-determinados, associado à avaliação do potencial hídrico das plantas para confirmação do estresse aplicado; e (c) a comprovação de que as plantas de arroz de terras sob deficiência hídrica ativaram mecanismos de resposta para a tolerância à deficiência hídrica.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Deficiência hídrica.
Ano: 2013 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/954035
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Seleção e treinamento de uma equipe de provadores para avaliação sensorial de diferentes cultivares de arroz. Infoteca-e
LIMA, C. H. A. M. de; COBUCCI, R. de M. A.; BASSINELLO, P. Z.; BRONDANI, C.; COELHO, N. R. A..
O objetivo deste trabalho foi selecionar e treinar um painel de provadores para avaliar diferentes cultivares de arroz. Inicialmente, realizou-se uma pré-seleção de candidatos a provadores com base na avaliação das respostas obtidas de um questionário quanto a sua disponibilidade para as sessões, interesse, condições médicas, aceitabilidade do produto em questão e uso de fumo.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Análise sensorial; Provadores; Pegajosidade.; Arroz; Oryza Sativa; Seleção; Treinamento.; Textura.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/206676
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Um estudo comparativo de softwares para alinhamento e detecção de Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). Infoteca-e
NARCISO, M. G.; RODRIGUES, A. M.; CIESLAK J. F.; SILVEIRA, R. D. D.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C..
Introdução. Materiais e Métodos. Resultados e Discussão. BWA e SAMtools. Bowtie2 e SAMtools. Panati. Mosaik. VarScan. GATK. CLC Genomics. Tempo de execução do software. Resumo sobre cada software. Conclusões. Referências.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software; Alinhamento de sequencia; Detecção de SNPs; Marcador molecular; Polimorfismo genético; Marcador genético.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/990798
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Utilização de marcadores microssatélites no melhoramento populacional do arroz. Infoteca-e
BRONDANI, C.; BRONDANI, R. P. V.; BORBA, T. C. O.; BRUNES, T.; RANGEL, P. H. N.; GUIMARÃES, E. P..
Introdução; Estudo de caso - análise molecular da cultivar Tio Taka por marcadores microssatélites; Análise dos genitores da população CNA-IRAT; Variabilidade genética do germoplasma de arroz; Escolha de genitores para a composição de novas populações de seleção recorrente; Considerações finais.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Melhoramento genético.; Arroz; Marcador Molecular; Oryza Sativa; Seleção Recorrente..
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/191516
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Utilização de marcadores moleculares em programas de ampliação da base genética de espécies cultivadas. Infoteca-e
BRONDANI, C.; BRONDANI, R. P. V.; RANGEL, P. H. N..
Introdução; Utilização de germoplasma em programas de melhoramento genético; Determinação da variabilidade genética em acessos do banco de germoplasma; Cruzamentos amplos; Marcadores moleculares no melhoramento de plantas; Obtenção de mapas moleculares; Mapeamento de QTLs; Análise de AB-QTLs; Seleção assistida por marcadores; Considerações finais.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Melhoramento genético; Análise genômica.; Banco de Germoplasma; Marcador Molecular; Método de Aplicação..
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/212599
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